ฤดูกาลที่ 1

หลังจากซีรีส์ชุดที่สองคือ เบ็นเท็น: พลังเอเลี่ยน จบลง ซีรีส์ชุดใหม่ “เบ็นเท็น อัลติเมทเอเลี่ยน” ไม่กี่เดือนหลังจบศึกกับวิวแกกต์ เบ็น เท็นนีย์สันซึ่งตอนนี้เติบโตเป็นเด็กหนุ่มวัย 16 ปี และชีวิตของเขามีการเปลี่ยนแปลงมากมาย ตอนนี้ออมนิทริกซ์ถูกทำลายไปแล้ว แต่เป็นอัลติเมทริกซ์ อุปกรณ์พิเศษที่ดูเหมือนนาฬิกาข้อมือที่ช่วยให้เบ็นกลายร่างไปเป็นซูเปอร์ฮีโร่จากต่างดาวได้หลากหลายรูปแบบ และยังทำให้เขาสามารถสร้างวิวัฒนาการ (อัลติเมท) ของเอเลียนทรงพลังต่อไปได้อีก และเบ็นต้องเผชิญหน้าในสิ่ง 3 อย่าง คือ

• เบ็นจำเป็นต้องใช้พลังทั้งหมดที่มีเพื่อเอาชนะวายร้ายตัวใหม่ และศัตรูตัวฉกาจ “แอกกรีกอ” แอกกรีกอเป็นออสโมเซียน (เหมือนเควิน) และวางแผนที่จะดูดพลังของเอเลี่ยนทั้ง 5 เพื่อทำให้แอกกรีกอนำแผนที่อินฟินิตี้โดยผ่านกับดักตามดาวต่าง ๆ แล้วเป็นจอมพลังที่ไม่มีใครสามารถหยุดยั้งมันได้
• หลังจากที่มีผู้แอบทราบความลับของเบ็นนำประกาศให้โลกได้รู้ ทำให้เบ็นกลายเป็นคนดังระดับโลกที่เด็กทั่วโลกชื่นชมไปในทันที แต่ขณะเดียวกันทางสื่อผู้ใหญ่จำนวนมากกลับไม่เชื่อถือเขา (โดยเฉพาะ วิล เฮอแรงค์) เมื่อจู่ๆ ก็กลายเป็นคนดังขึ้นมา เบ็นจึงต้องรับมือกับแฟนๆ ที่คลั่งไคล้ในตัวเขา และคนอื่นๆ ที่เห็นว่าเบ็นเป็นตัวปัญหาน่ารำคาญ
• หลังจากที่เควิ่นดูดซับ อัลติเมทริกซ์ เขาก็ควบคุมตัวเองไม่ได้ คลั่งไปกำจัดคนที่เคยมีความแค้นในอดีตกับชิงพลังของพวกเบ็นมาเพิ่มพลังให้แกร่งกว่าเดิมไปเรื่อย เบ็น เลยต้องหยุดเควินไว้ก่อนจะสายเกินแก้

นอกจากนี้ เบ็นยังมีรถทรงพลังคันใหม่ “เบ็นโมบิล” ซึ่งเป็นของขวัญวันเกิดจากเควิน[1]

และในท้ายที่สุดพวกเบ็นก็หาทางรักษาเควินกับส่งพลังกลับคืนสู่เจ้าของที่เควินไปดูดพลังมา กับนำพวกเอเลี่ยน 5 ตัวที่แอกกรีกอจับมาส่งกลับบ้านเกิด

ฤดูกาลที่ 2-3

หลังจากที่เบน เกวน และเควินได้กอบกู้จักรวาลจากแอกเกรกอร์ และเปลี่ยนเควินที่กลายเป็นสัตว์ประหลาดจากการดูดพลังจากอัลติเมทริกซ์ของเบนให้กลับมาเป็นคนได้แล้ว เบน เกวน และเควินต้องเผชิญหน้ากับอะไรหลายๆอย่าง